Pengadilan Tata Usaha Negara (PTUN) Surabaya merupakan salah-satu dari lima PTUN perintis di Indonesia yang dibentuk berdasarkan Keputusan Presiden RI Nomor 52 Tahun 1990 tanggal 30 Oktober 1990 tentang Pembentukan Pengadilan Tata Usaha Negara Di Jakarta, Medan, Palembang, Surabaya dan Ujung Pandang. PTUN Surabaya mulai beroperasi sejak tanggal 14 Januari 1991 berdasarkan Peraturan Pemerintah No.7 Tahun 1991.
Sesuai dengan amanat Pasal 145 UU Nomor 5 Tahun 1986 tentang Peradilan Tata Usaha Negara, pada tanggal 14 Januari 1991, Pemerintah menerbitkan Peraturan Pemerintah Nomor 7 Tahun 1991 tentang Penerapan UU Nomor 5 Tahun 1986 tentang PERATUN, yang sekaligus merupakan awal beroperasinya PERATUN di Indonesia. Untuk menandai tonggak sejarah tersebut maka setiap tanggal 14 Januari, dijadikan sebagai HUT Peratun yang diperingati setiap tahun oleh segenap jajaran PERATUN di seluruh Indonesia.
Pada awal beroperasinya PERATUN, wilayah hukum PTUN Surabaya pada waktu itu meliputi 3 provinsi yaitu Jawa Timur, Jawa Tengah dan Daerah Istimewa Yogyakarta. Namun kemudian dengan terbentuknya PTUN Semarang pada tanggal 20 April 1992 dan PTUN Yogyakarta pada tanggal 19 Desember 1997, maka wilayah hukum PTUN Surabaya saat ini hanya meliputi Provinsi Jawa Timur yang terdiri dari 38 Kota/Kabupaten.
Gedung yang digunakan sebagai Kantor PTUN Surabaya sejak beroperasi pada tanggal 14 Januari 1991 pada awalnya menempati gedung bekas Kantor Wilayah Pemasyarakatan V Surabaya, yang kemudian direnovasi dan diresmikan penggunaannya sebagai Kantor PTUN Surabaya oleh Menteri Kehakiman RI (waktu itu) Bapak ISMAIL SALEH, S.H., pada tanggal 17 Desember 1990.
Sejak tanggal 1 Juli 2013, kantor Pengadilan Tata Usaha Negara Surabaya sudah menempati gedung baru di Jalan Ir. H. Juanda No. 89, Desa Semambung, Kecamatan Gedangan, Kabupaten Sidoarjo. Peresmian gedung baru tersebut dilakukan oleh Dr. Hatta Ali, S.H., M.H. (Ketua Mahkamah Agung RI) bersamaan dengan peresmian 29 gedung Pengadilan di seluruh Indonesia pada tanggal 22 Juni 2013, di Pengadilan Negeri Tenggarong, Kalimantan Timur.
